Jabatan Mufti Kerajaan menjalankan fungsinya melalui dua (2) bahagian iaitu Hal Ehwal Keilmuan (Fatwa dan Irsyad Hukum) dan Hal Ehwal Pentadbiran.
Bahagian Hal Ehwal Keilmuan mengandungi bahagian-bahagian besar iaitu ‘Ifta dan Buhuth & Irsyad. Manakala Bahagian Hal Ehwal Pentadbiran mengandungi bahagian-bahagian besar yang terdiri daripada Urusetia Fatwa, Penerbitan dan Penerangan, Perancangan dan Kewangan, Perpustakaan Islam Brunei Darussalam dan Hal Ehwal Khas.
